Ich bin nicht sicher, aber nach dem was ich so kenne und eben nochmal kurz im Netz nachgelesen habe, geht das nicht. Du müsstest die DLLs beim Starten aus dem Jar von Hand (d.h. der eigenem Code) an eine Stelle umkopieren, wo sie von der VM automatisch gefunden werden. Oder eben einzeln deployen und alles per Batch-Datei starten.