Ich kenne Eclipse selber nicht gut genug, um hier wirklich spezifische Tipps geben zu können, aber im Prinzip ist es überall gleich. Also zum Compilieren brauchst du eigentlich nur das jpct.jar aus dem lib-Ordner einzubinden. Das sollte sich in Eclipse wie in jeder anderen Entwicklungsumgebung irgendwo einfach erledigen lassen.
Um das Compilat dann auszuführen, bedarf es noch der Ressourcen (also Texturen, 3DS-Modelle usw.) im Arbeitsverz. oder wo immer Eclipse die auch herholt. Beim JBuilder ist dies z.B. das normale Projektverz. Willst die OpenGL nutzen, musst du noch das lwjgl.jar einbinden (analog zum jpct.jar) und angeben, wo die benötigte dll-Datei zu finden ist. Im JBuilder geschieht das als Aufrufparameter (analog zu dem, was in der bat-Datei des Beispieles gemacht wird), wie es bei Eclipse geht, weiß ich leider nicht.