Also du kannst schon eine Art Transparenz im Software-Renderer erreichen, sie ist nur nicht so flexibel wie unter OpenGL. Du kannst auf dem transparenten Objekt (Transparenz ist pro Objekt in jPCT, d.h. wenn du Teile eines Objektes (z.B. die Fenster eines Autos) transparent haben willst, musst du irgendwie teilen) z.B. ein setTransparency(0); machen. Damit bekommt du die größt mögliche Transparenz, was im Software-Modus etwa 50% ist. Alle nicht-schwarzen Teile der Textur werden dann so mit dem Hintergrund verrechnet, alle schwarzen sind sowieso komplett durchscheinend. Was im Software-Modus nicht geht, ist einen Alphakanal direkt aus der Textur zu nutzen, d.h. die Teile der Textur können nicht unterschiedlich durchlässig sein. Hilft das? Vielleicht hast du ein Beispiel, wo etwas transparent sein soll, damit ich besser verstehe, was genau du meinst!?
P.S.: Wenn du Speicherprobleme hast (habe ich im Text unter dem Viewer gelesen), kannst du mal (sofern noch nicht geschehen) Config.saveMemory=true; setzen. Am besten vor allen anderen Aufrufen von jPCT. Vielleicht entspannt das die Situation ein wenig.